inputgen class
 
Create an APBS input file using psize data
 
Written by Todd Dolinsky based on original sed script by Nathan Baker
 
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PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics
Center for Computational Biology
Washington University in St. Louis
 
Jens Nielsen (Jens.Nielsen@ucd.ie)
University College Dublin
 
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Modules
		src.psize string sys

Classes
		Elec Input   class Elec     An object for the ELEC section of an APBS input file     Methods defined here: __init__(self, size, method, asyncflag) Initialize the variables that can be set in this object Users can modify any of these variables (that's why they're here!) __str__(self) Return the elec statement as a string. Check the method to see which keywords to use.   class Input     The input class.  Each input object is one APBS input file.     Methods defined here: __init__(self, pqrpath, size, method, asyncflag) Initialize the input file class.  Each input file contains a PQR name, a list of elec objects, and a list of strings containing print statements.  For starters assume two ELEC statements are needed, one for the inhomgenous and the other for the homogenous dielectric calculations.   Users can edit the elec statements and the print statements.   This assumes you have already run psize, either by      size.runPsize(/path/to/pqr) or        size.parseString(string)      size.setAll()   Parameters     pqrpath:   The path to the PQR file (string)     size:      The Psize object (psize)     method:    The method (para, auto, manual, async) to use     asyncflag: 1 if async is desired, 0 otherwise __str__(self) Return the text of the input file printInputFiles(self) Make the input file(s) associated with this object

Functions
		main() splitInput(filename) Split the parallel input file into multiple async file names   Parameters     filename:  The path to the original parallel input                file (string) usage() Display the usage information for this script