src.psize
index
/home/todd/release/pdb2pqr-1.1.0/src/psize.py

psize class
 
Get dimensions and other information from a PQR file.
 
Originally written by Dave Sept
Additional APBS-specific features added by Nathan Baker
Ported to Python/Psize class by Todd Dolinsky and subsequently
hacked by Nathan Baker
 
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PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics
Center for Computational Biology
Washington University in St. Louis
 
Jens Nielsen (Jens.Nielsen@ucd.ie)
University College Dublin
 
Additional contributing authors listed in documentation and supporting
package licenses.
 
Copyright (c) 2003-2006.  Washington University in St. Louis.  
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it under the terms of the GNU General Public License as published by
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(at your option) any later version.
 
PDB2PQR is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU General Public License for more details.
 
You should have received a copy of the GNU General Public License
along with PDB2PQR; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307  USA
 
----------------------------

 
Modules
       
string
sys

 
Classes
       
Psize

 
class Psize
     Methods defined here:
__init__(self)
getCenter(self)
getCharge(self)
getCoarseGridDims(self)
getConstant(self, name)
Get a constant value; raises KeyError if constant not found
getFineGridDims(self)
getFineGridPoints(self)
getFocus(self)
getLength(self)
getMax(self)
getMin(self)
getProcGrid(self)
getSmallest(self)
parseInput(self, filename)
Parse input structure file in PDB or PQR format
parseLines(self, lines)
Parse the lines
parseString(self, structure)
Parse the input structure as a string in PDB or PQR format
printResults(self)
Return a string with the formatted results
runPsize(self, filename)
Parse input PQR file and set parameters
setAll(self)
Set up all of the things calculated individually above
setCenter(self, maxlen, minlen)
Compute molecule center
setCoarseGridDims(self, olen)
Compute coarse mesh dimensions
setConstant(self, name, value)
Set a constant to a value; returns 0 if constant not found
setFineGridDims(self, olen, clen)
Compute fine mesh dimensions
setFineGridPoints(self, flen)
Compute mesh grid points, assuming 4 levels in MG hierarchy
setFocus(self, flen, np, clen)
Calculate the number of levels of focusing required for each
processor subdomain
setLength(self, maxlen, minlen)
Compute molecule dimensions
setProcGrid(self, n, nsmall)
Calculate the number of processors required to span each 
dimension
setSmallest(self, n)
Compute parallel division in case memory requirement above ceiling
Find the smallest dimension and see if the number of grid points in
that dimension will fit below the memory ceiling
Reduce nsmall until an nsmall^3 domain will fit into memory

 
Functions
       
log(...)
log(x[, base]) -> the logarithm of x to the given base.
If the base not specified, returns the natural logarithm (base e) of x.
main()
usage()

 
Data
        stdout = <open file '<stdout>', mode 'w'>