Nucleic Acid Structures for PDB2PQR
 
This module contains the base nucleic acid structures for
pdb2pqr.
 
----------------------------
 
PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics
Center for Computational Biology
Washington University in St. Louis
 
Jens Nielsen (Jens.Nielsen@ucd.ie)
University College Dublin
 
Additional contributing authors listed in documentation and supporting
package licenses.
 
Copyright (c) 2003-2006.  Washington University in St. Louis.  
All Rights Reserved.
 
This file is part of PDB2PQR.
 
PDB2PQR is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
(at your option) any later version.
 
PDB2PQR is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU General Public License for more details.
 
You should have received a copy of the GNU General Public License
along with PDB2PQR; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307  USA
 
----------------------------

Modules
		copy math os string sys

Classes
		src.structures.Residue Nucleic A C G T U   class A(Nucleic)     Adenosine class   This class gives data about the Adenosine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: A Nucleic src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the state to distinguish RNA from DNA. Methods inherited from Nucleic: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Overrides the generic residue's createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom to add (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class C(Nucleic)     Cytidine class   This class gives data about the Cytidine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: C Nucleic src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the state to distinguish RNA from DNA. Methods inherited from Nucleic: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Overrides the generic residue's createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom to add (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class G(Nucleic)     Guanosine class   This class gives data about the Guanosine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: G Nucleic src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the state to distinguish RNA from DNA. Methods inherited from Nucleic: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Overrides the generic residue's createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom to add (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class Nucleic(src.structures.Residue)     Nucleic class   This class provides standard features of the nucleic acids listed below   Parameters     atoms:  A list of Atom objects to be stored in this class              (list)     ref:    The reference object for the amino acid.  Used to             convert from the alternate naming scheme to the             main naming scheme.     Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Overrides the generic residue's createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom to add (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list) setState(self) Adds the termini for all inherited objects Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class T(Nucleic)     Thymine class   This class gives data about the Thymine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: T Nucleic src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the state to distinguish RNA from DNA.  In this case it is always DNA. Methods inherited from Nucleic: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Overrides the generic residue's createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom to add (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)   class U(Nucleic)     Uridine class   This class gives data about the Uridine object, and inherits off the base residue class.     Method resolution order: U Nucleic src.structures.Residue Methods defined here: __init__(self, atoms, ref) Initialize the class   Parameters     atoms:      A list of Atom objects to be stored in this class                 (list) setState(self) Set the state to distinguish RNA from DNA.  In this case it is always RNA. Methods inherited from Nucleic: addAtom(self, atom) Override the existing addAtom - include the link to the reference object addDihedralAngle(self, value) Add the value to the list of chiangles   Parameters     value: The value to be added (float) createAtom(self, atomname, newcoords) Create an atom.  Overrides the generic residue's createAtom().   Parameters     atomname:  The name of the atom to add (string)     newcoords: The coordinates of the atom (list) Methods inherited from src.structures.Residue: __str__(self) Basic string representation for debugging addMissing(self, value) Add the value to the list of missing atoms   Parameters     value: The name of the missing atom (string) get(self, name) Get a member of the Residue class   Parameters     name:          The name of the member (string) Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chainID:       The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     missing:     List of missing atoms of the residue Returns     item:          The value of the member getAtom(self, name) Retrieve an atom from the mapping   Parameters     resname: The name of the residue to retrieve (string) getAtoms(self) getCharge(self) Get the total charge of the residue.  In order to get rid of floating point rounding error, do the string transformation.   Returns:     charge: The charge of the residue (float) hasAtom(self, name) numAtoms(self) Get the number of atoms for the residue   Returns     count:  Number of atoms in the residue (int) removeAtom(self, atomname) Remove an atom from the residue object.   Parameters     atomname: The name of the atom to be removed (string) renameAtom(self, oldname, newname) Rename an atom to a new name   Parameters     oldname: The old atom name (string)     newname: The new atom name (string) renameResidue(self, name) Rename a given residue   Parameters     name:       The new name of the residue rotateTetrahedral(self, atom1, atom2, angle) Rotate about the atom1-atom2 bond by a given angle All atoms connected to atom2 will rotate.   Parameters:     atom1:  The first atom of the bond to rotate about (atom)     atom2:  The second atom of the bond to rotate about (atom)     angle:  The number of degrees to rotate (float) set(self, name, value) Set a member of the Residue class to a specific value    Parameters     name:          The name of the object to set (string)     value:         The object to append Possible Values     atoms:         The atoms in the residue     name:          The name of the residue     chain:         The chainID associated with the residue     resSeq:        The sequence number of the residue     icode:         The iCode of the residue     SSbonded:      1 if the residue has a SS bond, 0 otherwise     SSbondpartner: The residue of the bond partner     type:          The type associated with this residue     isNterm:       # of hydrogens if the residue is the N-Terminus, 0 otherwise     isCterm:       1 if the residue is the C-Terminus, 0 otherwise     isDirty:       1 if the residue is not missing atoms,                    0 otherwise Notes     resSeq points to the residue.setResSeq function Returns     item:          The value of the member setChainID(self, value) Set the chainID field to a certain value setDonorsAndAcceptors(self) Set the donors and acceptors within the residue setResSeq(self, value) Set the atom field resSeq to a certain value and change the residue's information.  The icode field is no longer useful.   Parameters     value:  The new value of resSeq (int)

Data
		BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN'] DIHEDRAL = 57.2958 SMALL = 9.9999999999999995e-08 __author__ = 'Todd Dolinsky' __date__ = '28 February 2006'

Author
		Todd Dolinsky