Routines for PDB2PQR
 
This module contains the protein object used in PDB2PQR and associated
methods
 
----------------------------
 
PDB2PQR -- An automated pipeline for the setup, execution, and analysis of
Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
 
Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics
Center for Computational Biology
Washington University in St. Louis
 
Jens Nielsen (Jens.Nielsen@ucd.ie)
University College Dublin
 
Additional contributing authors listed in documentation and supporting
package licenses.
 
Copyright (c) 2003-2006.  Washington University in St. Louis.  
All Rights Reserved.
 
This file is part of PDB2PQR.
 
PDB2PQR is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
(at your option) any later version.
 
PDB2PQR is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU General Public License for more details.
 
You should have received a copy of the GNU General Public License
along with PDB2PQR; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307  USA
 
----------------------------

Modules
		copy math os string sys

Classes
		Protein   class Protein     Protein class   The protein class represents the parsed PDB, and provides a hierarchy of information - each Protein contains a list of Chain objects as provided in the PDB file.  Each Chain then contains its associated list of Residue objects, and each Residue contains a list of Atom objects, completing the hierarchy.     Methods defined here: __init__(self, pdblist, definition) Initialize using parsed PDB file   Parameters     pdblist: List of Classes of PDB lines as created createResidue(self, residue, resname) Create a residue object.  If the resname is a known residue type, try to make that specific object, otherwise just make a standard residue object.   Parameters     residue:  A list of atoms (list)     resname:  The name of the residue (string)   Returns:     residue:  The residue object (Residue) getAtoms(self) Return all Atom objects in list format   Returns     atomlist:  List of Atom objects in the protein (list) getChains(self) Get the chains object   Returns     chains: The list of chains in the protein (chain) getCharge(self) Get the total charge on the protein NOTE:  Since the misslist is used to identify incorrect        charge assignments, this routine does not list the        3 and 5 termini of nucleic acid chains as having        non-integer charge even though they are (correctly)        non-integer. Returns:     misslist: List of residues with non-integer               charges (list)     charge:   The total charge on the protein (float) getResidues(self) Return the list of residues in the entire protein numAtoms(self) Get the number of atoms for the entire protein(including multiple chains) numResidues(self) Get the number of residues for the entire protein (including multiple chains)   Returns     count:  Number of residues in the protein (int) printAtoms(self, atomlist, chainflag=0) Get the text for the entire protein Parameters     atomlist:  The list of atoms to include (list)     chainflag: Flag whether to print chainid or not -                   Defaults to 0 (int) Returns     text:      The list of (stringed) atoms (list) reSerialize(self) Generate new serial numbers for atoms in the protein

Data
		BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN'] DIHEDRAL = 57.2958 SMALL = 9.9999999999999995e-08 __author__ = 'Todd Dolinsky' __date__ = '28 February 2006'

Author
		Todd Dolinsky